На какой системе налогообложения вы работаете? У индивидуального предпринимателя для получения вычета должен быть доход, с которого он уплачивает налог на доходы физических лиц по ставке 13%, за исключением доходов, полученных от долевого участия в организации (так называемых дивидендов), а также выигрышей (полученных участниками азартных игр и лотерей), в отношении которых налоговые вычеты не применяются (см. абз. 2 п. 3 ст. 210 НК РФ). Индивидуальные предприниматели, находящиеся на специальных налоговых режимах, таких как УСН, ЕНВД, ЕСХН, ПСН, не могут воспользоваться налоговым вычетом, так как они освобождены от уплаты налога на доходы физических лиц. Исключением в данном случае будет являться наличие у индивидуального предпринимателя помимо дохода по специальному режиму дохода, по которому он уплачивает налог на доходы физических лиц по ставке 13% (см. письмо Минфина РФ от 22.05.2007 № 03-11-05/111).
Индивидуальный предприниматель, который уплачивает НДФЛ за себя самостоятельно, обязан в установленный законом срок (до 30 апреля года, следующего за отчетным) представить декларацию по форме 3-НДФЛ. В ней необходимо отразить и исчисленный налог, и сумму вычета, на который претендует ИП. В случае, когда предприниматель имеет доход, по которому может представить еще справку по форме 2-НДФЛ (как правило, это относится к ИП, дополнительно работающим по трудовому договору либо сдающим в аренду какое-либо имущество в статусе физлица либо к вам с вашими договорами займа), то он представляет и ее.
Если работаете на УСН, ПСН, ЕНВД, ЕСХН, то представляйте отдельную декларацию по 3-ндфл, думаю, что как от физлица