Если участник предоставил лицензии на бумаге, то правила ведения реестров утвержены Постановлением правительства
Российской Федерации
от 29 декабря 2020 г. N 2343, в котором говорится о ведении реестра в электронном виде с присвоением регистрационного номера.
Регистрационный номер присваивается лицензии с использованием единого реестра учета лицензий в установленном Правительством Российской Федерации порядке.
На мой субъективный взгляд, отказ правомерен, если нет подтверждения регистрационного номера лицензии