В теории, налоговая может запросить что угодно, любую информацию.
Но вероятность требования складских остатков маловероятна: в первую очередь их будет интересовать Ваша налогооблагаемая база (поступление денег и факт обложения этих поступлений налогом УСН, если они попадают под определение "доход")
В требованиях прежде всего надо обращать внимание на статью основания требования.
Требование по любому поводу нельзя игнорировать, лучше привести ответ, что ИП бухгалтерский учёт вести не обязаны, аискажение отражения остатков в учете не приводит к занижению налогооблагаемой базы