Мария Ли, вы каким образом заполняли 3-НДФЛ? Если в личном кабинете, там должна была остаться ваша декларация. Если через программу, то программе можно посмотреть заполняли ли вы заявление в теле формы. И, конечно, если заявление было, то сумма переплаты придет на счет, и второй раз вы ею распорядиться не можете.
Вариант второй, камеральная проверка еще не окончена, либо в ЛК глюк какой-то.