Если вы являетесь плательщиком НДС то вам в любом случае нужно оформлять и сдавать поквартальную отчетность по НДС. Поэтому если у вас не было в квартале налоговой базы по НДС нужно сдать нулевую декларацию. Это требование подтверждено пунктом 7 информационного письма Президиума ВАС РФ от 17.03.2003 № 71.
Так как вы просрочили сдачу нулевой декларации, вам грозит штраф. По общему правилу за такое нарушение инспекция может взыскать сумму в размере 1000 руб. (ст. 119 НК РФ). Если нулевая декларация за отчетный период была представлена с опозданием и после этого организация подала уточненную декларацию за этот же период, размер штрафа будет зависеть от величины реальных налоговых обязательств, указанной в «уточненке». Суммы санкций расписаны в статье 119 НК РФ. Правомерность такого вывода подтверждается постановлениями Президиума ВАС РФ от 15.11.2011 № 7265/11 и от 15.05.2007 № 543/07. Кроме налоговых санкций, за нарушение сроков сдачи нулевой декларации предусмотрена административная ответственность по статье 15.5 КоАП РФ.
Избежать штрафа вам вряд ли удастся. Размер штрафа вы сможете снизить, только если налоговая признает что небольшое опоздание со сдачей декларации произошло по смягчающим вину обстоятельствам (подп. 3 п.1 ст. 112 НК РФ). Тогда размер штрафа может быть снижен не менее чем в 2 раза (п. 3 ст 114 НК РФ), если конечно ваша компания ранее не совершала подобных правонарушений. Но на такое послабление налоговые органы идут крайне редко. Если найдете смягчающее обстоятельство (были в больнице и т.п.), то есть смысл обратиться в суд.