Вы не в ЗУП работаете - да?
Тогда операцией вручную, как и использование резервов. У БП возможности в этом плане ограничены, поэтому использование отпусков за счет резервов как-то отдельно надо начислить от зарплаты, чтобы посчитать взносы на них, а уже потом - "перевесить" на 96 счет операцией вручную, сделав сторно по проводкам за счет расходов. Трогать проводки в "Начисление зарплаты" я бы не рекомендовала.
Если хотите "автоматически" - придется дописывать