Или необходимо было на каждый авансовый платеж в течении пяти дней с момента поступления денежных средств, выставлять счет-фактуру, как этот требует НК РФ.
- сами ответили на свой вопрос.
Знали и не сделали. Возможно, это не снизило налоговую базу, но у налоговой могут возникнуть вопросы к Вам