А что написано в договоре между ИП и ООО? Есть там упоминание об УПД, например? Если нет - требования неправомерны.
С ТН вообще ООО опоздало. Их надо было оформлять на этапе непосредственно оказания услуг, а не после закрытия договора и подписания акта.
Полагаю, что у ООО что-то там не закрывается в их учете и они хотят задним числом получить с ИП документы, которые им помогут. Так что ИП нужно исходить из своей ситуации - хочет он спорить с этим ООО или нет? Может итог спора повлиять на дальнейшую работу или нет? Если ИП все равно - может не делать ничего. Если в будущем возможна еще работа с этим ООО или негативная реакция ООО может испортить репутацию ИП - надо договариваться.
Оптимальный вариант - пусть ООО сами сделают проекты документов, которые им нужны. ИП посмотрит и подпишет со своей стороны. Я бы советовала попробовать договориться. С той позиции, что документы нужны ООО, а не ИП.