Вы не начисляли налог (точнее, взносы), вы делали взаимозачет. С чего вдруг у вас будет расхождение в отчетности.
У вас была, как я понимаю, переплата по ВНиМ. Например:
Д26 К69.1 - 1 000 - начислены взносы
Д69.1 К51 - 2 000 - уплачены взносы (уплачены больше - образовалась переплата). То есть у вас дебетовое сальдо по 69.1 - переплата.
Теперь вы эту переплату кидаете в счет уплаты пени:
Д69.2 К69.1 -199,51 - зачет переплаты, а не начисление взносов. Дебетовое сальдо по 69.1 уменьшилось, ваша переплата уменьшилась.
При этом:
Д91.2 К69.2 - 199,51 - начислены пени. Предыдущей проводкой они "уплачены" за счет переплаты по ВНиМ.