Эх, давненько я уже не работала с КС-ками...
Но посмотрела навскидку - глобальных изменений не было.
Вы верно предполагаете - расходы на страхование попадают в обязательном порядке в КС-3. Вы же несли эти расходы и не нести не могли. Значит, имеете право на их компенсацию Заказчиком. Для этого достаточно, кроме отражения в КС-3, предъявить документы, подтверждающие расходы и их направленность. Думаю, заверенных вами (вашей организацией) копий должно быть достаточно. Но можно и у Заказчика поинтересоваться на всякий случай, как его устроит?