В вашей ситуации надо разбираться индивидуально. Во-первых, все-таки выяснить точно, верная ли была отправлена декларация. Можно в личном кабинете запросить справку о состоянии расчетов. В конце концов дождаться окончания камеральной проверки. "Налоговая говорит" - это, конечно, хорошо, но лучше иметь письменные подтверждения их словам. Тем более, что нет уверенности в корректности декларации.
Отдельно разбираться надо с судом, почему уже в суд дело пошло. Видимо, на этапе неверно поданной декларации, когда висел долг, все и ушло в суд.