Я сталкивалась с такой же ситуацией. ИП был зарегистрирован через много лет после того, как физическое лицо приобрело нежилое помещение. Затем, в статусе предпринимателя, недвижимость была продана. НО! В нашем случае недвижимость не могла быть использована в предпринимательской деятельности. Она медленно разрушалась. Средств на быстрый ремонт и охрану не хватало. Пару раз вставлялись окна и двери, но народ все растаскивал, выламывали кирпичные внутренние перегородки.
Среди ОКВЭДов не было деятельности с недвижимостью. Физлицо, сфотографировало объект и написало пояснительную записку, что недвижимость в предпринимательской деятельности не использовалась.
Вам также нужно написать пояснение на запрос налоговой, что ваша недвижимость не имела отношения к деятельности ИП. Возможно, найдете какое-либо подтверждение этому. Например, отсутствие в нем оборудования, необходимого для ведения вашего бизнеса, или еще что...