Пени у вас не за отсутсвие декларации, вы и не должны были ее подавать, а за якобы неуплаченный вовремя налог. После разъяснения ситуации вы ничего не будете должны.
У вас сейчас на руках что-то есть от налоговой или только долг в ЛК и разговор по телефону? Считаю, что для дальнейших действий у вас должны быть на руках документы, чтобы понимать что конкретно там написано и против каких аргументов возражать.