Что-то мне подсказывает, что просто у вас доход по стравке 2-НДФЛ стал выше 350 тыс. руб просто в середине года. И с этого момента человек теряет право на стандартный вычет.
Вычет как бы вычитается из налогооблагаемой базы, и выплачивается только налог с остатка — 13%. Например, если вы имеете право на ежемесячный вычет 12 тысяч рублей, выплата составит 12 000 × 13% = 1560 Р. Вычет предоставляют до тех пор, пока ваш доход с начала года не превысит 350 тысяч рублей.