ух 
.....подскажите ГДЕ найти специалиста кто может взяться за разработку всего этого?! 
Уточню:
1) Сергей, я правильно поняла, если мы пропишем в течение дня несколько перерывов (например три перерыва по 30 минут + 1 час обеда, либо 4 перерыва по 15 минут + 1 час обеда), то это сократит рабочий день с 12,5 часов до 10-10,5 часов?
В данном случае нужно будет вести суммированный учет рабочего времени и устанавливать период учета год?
Правильно понимаю, что время обеда и перерывов не входит в общую сумму рабочего времени? (или ерунду сморозила?) 
2) Если по графику смена попадает на субботу/воскресенье - то оплата в обычном размере, если на красный день производственного календаря - то оформляем приказ и оплата в двойном размере?
3) если заболела сменщица, то выход на подмену оформляется приказом с двойной оплатой?
4) для выплаты премии устанавливаю перечень показателей: выполнил - получи премию, нет-гуляй?
Если не выполнил, а я хочу выплатить - имею право или нет?