Я не понимаю, почему она решила их не принимать, к расходам
Она не приняла к расходам?
Если я Вас правильно понимаю, то она их не учла вовсе. Т.е, авансовый отчёт директор, якобы, не предоставил?
Если расходы необоснованны - можно их учесть как неуменьшающие налоговую базу, и долга бы за директором перед компанией не было.
ТМЦ по факту получены или Вы не знаете? Не зная ничего от том, куда приобретённые ТМЦ исчезли, я бы не рискнула принять на расход, а в ббухучете бы отразила