Получается, что НДФЛ заплатили за счет собственных средств... Я Вас поняла по этим словам дословно.
Теперь о заполнении отчёта
программа не знает дату выплаты дохода, и подразумевает, что период выплаты совпадает с периодом начисления (в БП - особенно)
в ЗУП можно настроить заполнение коректно 6-НДФЛ.
в ведомостях выплаты внизу есть строчка "выплата зарплаты и перечисление НДФЛ"
Если ведомость сформирована заранее, а строка по этой ссылке не заполнена, по умолчанию стоит значение "деньги перечислены полностью, НДФЛ удержан при выплате", стоит дата начисления з/п - последний день месяца
Региср НДФЛ фксирует эту дату как удержанный доход
Если выплата произведена в следующем периоде - заполните реквизит "дата выплаты" в сведениях о незачисленной зарплате, и он в 6-НДФЛ не попадёт