ЛенБор, как ни прискорбно, налоговая права. При любом изменении границ земельного участка, будь то раздел, объединение, выдел или перераспределение, выдается новый кадастровый номер. При этом старый участок перестает существовать. Отсчет минимального срока владения ведется от последней даты регистрации участка.
Но, вы можете воспользоваться вычетом в миллион рублей. Кстати, вычет в сумме, фактически произведенных расходов на приобретение участка, возможно, можно доказать, но мне кажется, с этим тоже могут возникнуть проблемы.