Что же до вашего вопроса, то считаются календарные месяцы перед месяцем, с 1-го числа которого вы будете освобождаться от НДС.
То есть в вашем случае логичнее:
- подать уведомление с 1 декабря 2020 года, указав выручку за сентябрь, октябрь, ноябрь 2020
- подать второе уведомление с 1 декабря 2021 года (еще на 12 месяцев), указав данные за сентябрь, октябрь, ноябрь 2021.
А период с момента регистрации до начала деятельности оставить как есть. Если нет проблем с несданными отчетами.