"При расчете входного НДС оборот по продаже лома не был учтен, поскольку такая реализация не облагается НДС"
Верно ли я понимаю, что Вы весь НДС от поставщиков приняли к вычету?
Если доля реализации без НДС более 5% в сумме общей выручки за период - Вы обязаны были вести раздельный учёт входного НДС, и распределять НДС:
НДС от приобретаемых ТРУ, напрямую связанных с реализацией с НДС, принимать полностью;
НДС от ТРУ, относящихся к реализации без НДС - к вычету не принимать, учитывая в составе расходов;
Если невозможно определить назначение ТРУ (например, аренда офиса) - распределять пропорционально доле выручки.
Если Вы не соблюдали эти правила, предусмотренные НК, налоговики правы