Не вдаваясь в подробности, если счёт-договор Вами оплачен - Вы согласились на сделку (оплатой Вы выразили своё согласие).
Как таковых налоговых последствий быть не должно: множество разовых сделок производится без заключения договора.
Смотрите на это со стороны Гражданского законодательства. Если для Вас существенна сумма в счёте-договоре, а в нем не все реквизиты, чтобы признать его договором, будет затруднительно доказать качество и объём оказанных услуг (поставленных товаров).