Я надеюсь, Вы поняли как это реализовать в программе?
Все доводы, приведённые Вами, верные (по поводу писем Минфина и прочее), я их не оспариваю.
Я лишь сказала, как надо правильно в самой программе отразить как это сделать, чтобы декларации заполнялись так, как Вы задумывали. Делать или нет - решение за Вами в любом случае.
На будущее: если захотите что-то изменить (особенно по заполнению деклараций) не делайте операции вручную, для этого есть документы, которые Вам регистры поправят.
Если же необходимо сделать проводку, не предусмотренную типовыми документами, (например, начисление %), то кроме проводок по счетам БУ заполните ещё и НУ (а то в декларацию по Налогу на Прибыль не попадут