А почему нельзя подать отчет к начислению за авансы и включить вычеты которые были оставлены на...

julia1979, Вам коллеги пояснили, что лучше сдать уточненную декларацию. А про то, что вычеты увеличить не можете – это Вы сами решили)).
Конечно, если Вы подаете уточненку на увеличение начисления НДС, то я бы тоже нашла счета-фактуры, которые пришли с опозданием и отразила их в уточненной декларации.
У меня была похожая ситуация. Я подала за 2 квартал 2018 декларацию на возврат НДС (начало деятельности, выручка небольшая). ИФНС это не понравилось. Вызывали директора на беседу. Беседовали. Закидывали требованиями. В итоге мы сдались и сдали уточненку. Я уменьшила сумму вычетов (перенесла на следующие кварталы) и вышла на ноль. По одному счету – фактуре сделала частичный вычет, чтобы ни 1 копейки не получилось к уплате. Сдала уточненку, и налоговая успокоилась. И мы тоже).
А Вам же надо увеличить вычеты, что не запрещено делать.