Правильно понимаю, что в одном месяце, допустим, октябре, в пробили некие чеки в "Мой налог"?. Затем в следующем месяце, ноябре, решили, что чеки пробиты неверно и аннулировали их тоже через "Мой налог"?
Если да - то, по информации с сайта ФНС:
Расчет налога происходит ежемесячно в период с 10 по 12 число месяца, следующего за истекшим налоговым периодом (месяцем). Каждый расчет налога учитывает аннулированные и созданные прошедшим числом чеки. При этом отдельное уведомление об уменьшении суммы налога к уплате в связи с аннулированием чека не формируется. Возможность оплатить налог появится не позднее 12-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом. Налоговый орган уведомит самозанятого налогоплательщика через мобильное приложение о сумме налога, подлежащей уплате, с учётом аннулированного в предыдущем периоде чека, с указанием реквизитов. Соответственно, в указанной сумме уже будут учтены ваши корректировки дохода.
То есть, если вы аннулировали чеки до 10 ноября, то сумма к уплате, которая вам в ноябре придет, должна учесть эти аннулирования.