Согласно ГК РФ, если иное не предусмотрено договором подряда, то работы по такому договору выполняются силами и с использованием материалов подрядчика. Иное - использование материалов заказчика.
В предложенном вами случае получается некое подобие агентского договора, когда подрядчик по заказу заказчика приобретает материал. Тоже вариант, но должно быть предусмотрено вознаграждение в этом случае.
Когда говорят о возмещении расходов по ГПД, то обычно речь идет о возмещении транспортных расходов, на услуги связи и прочие сопутствующие расходы. Да и по ним разъяснения в основном в том ключе, что такие возмещения включаются в налогооблагаемый доход.