Действительно непонятная ситуация. Организация приобретает земельный участок у физ лица, так пусть с физлицрм и расчитывается. Что, участок бы не приобретался, если у этого физлица небыло ИП? Для чего эту путаницу создавать и проблемы ИПшнику?
Безусловно, вы сможете доказать налоговой, что земельный участок не использовался в предпринимательской деятельности. Хотя... ситуации разные бывают. Одному моему ИПшнику хотели вменить налос продажи полуразваленного картофелехранилица, которое было в собственности еще до ИП, лет 10 не меньше. И там ничего не возможно было предпринимать, в силу состояния здания. ИП занимался ремонтом компьютеров на дому у заказчика.
Пришлось тогда доказывать, прикладывать фото, материалы обследования здания, благо, что они были, и т.д. А представьте, если бы ему деньги не на личный счет перечислили, а на ИП? Вряд ли что-то можно было доказать.
НЕт. отказывайтесь от такой сделки. Пусть деньги на счет физлица перечисляют!