Не совсем.
При получении предварительной оплаты плательщиком НДС необходимо выставить авансовый счет-фактуру в течение 5 дней с даты оплаты.
При отгрузке товара также необходимо выставить счет-фактуру в течение 5 дней.
При этом если отгрузка произошла в течение 5 дней с момента предварительной оплаты, то можно выставить только счет-фактуру на отгрузку (ваш случай). На этот счет было письмо Минфина, не припомню реквизиты сейчас.
Но эта история не касается случая, когда эти 5 дней приходятся на конец/начало квартала.
И, честно говоря, лично я выставляю авансовый счет-фактуру даже в том случае, если отгрузка произошла на следующий день (так удобнее и нагляднее в программе). Поэтому в вашем случае у меня было бы два счета-фактуры: авансовый от 6 октября и на отгрузку от 7 октября.