И чтобы не быть голословной (не так давно сами разбирались на работе с таким случаем) - пример со...

И чтобы не быть голословной (не так давно сами разбирались на работе с таким случаем) - пример со ссылками.

Воз­мож­на си­ту­а­ция, когда ве­ли­чи­на на­чис­лен­ной ра­бот­ни­ку зар­пла­ты в кон­крет­ном ме­ся­це ока­за­лась мень­ше при­чи­та­ю­ще­го­ся на­ло­го­во­го вы­че­та. Учи­ты­вая, что ра­бо­то­да­тель в ка­че­стве на­ло­го­во­го аген­та ис­чис­ля­ет НДФЛ на­рас­та­ю­щим ито­гом с на­ча­ла года (п. 3 ст. 226 НК РФ), на­ло­го­вые вы­че­ты в те­че­ние ка­лен­дар­но­го года также сум­ми­ру­ют­ся. По­это­му важ­ным яв­ля­ет­ся пре­вы­ше­ние вы­че­тов над сум­мой зар­пла­ты не про­сто в одном кон­крет­ном ме­ся­це, а на­рас­та­ю­щим ито­гом с на­ча­ла года.

По­яс­ню ска­зан­ное на при­ме­ре. Ра­бот­ни­ку по­ла­га­ют­ся еже­ме­сяч­ные стан­дарт­ные на­ло­го­вые вы­че­ты в раз­ме­ре 2 800 руб­лей.

За­ра­бот­ная плата за ян­варь со­ста­ви­ла 26 000 руб. НДФЛ, под­ле­жа­щий удер­жа­нию за ян­варь, со­став­ля­ет 3 016 руб. ((26 000 – 2 800) * 13%).

В фев­ра­ле в связи с ухо­дом в ад­ми­ни­стра­тив­ный от­пуск за­ра­бот­ная плата со­ста­ви­ла всего 2 400 руб., что мень­ше ве­ли­чи­ны на­ло­го­вых вы­че­тов. Од­на­ко с уче­том того, что НДФЛ ис­чис­ля­ет­ся на­рас­та­ю­щим ито­гом с на­ча­ла года, сумма НДФЛ с до­хо­дов ра­бот­ни­ка за ян­варь-фев­раль со­ста­вит 2 964 руб. ((26 000 + 2 400 – 2 800*2) * 13%).

Воз­ни­ка­ет из­лишне удер­жан­ный НДФЛ, ко­то­рый ра­бо­то­да­тель может за­честь в счет под­ле­жа­ще­го удер­жа­нию на­ло­га в сле­ду­ю­щих ме­ся­цах этого ка­лен­дар­но­го года или вер­нуть ра­бот­ни­ку по его за­яв­ле­нию. Если налог не будет за­чтен (на­при­мер, в связи с от­сут­стви­ем в бу­ду­щем до­хо­да) или воз­вра­щен, по ито­гам года ра­бот­ник может об­ра­тить­ся в на­ло­го­вую ин­спек­цию за воз­вра­том НДФЛ са­мо­сто­я­тель­но (ст. 231 НК РФ).

Ключевым здесь является слово МОЖЕТ Вот такую раскладку предложите сотруднику - пусть берёт справку 2-НДФЛ и возвращает сам.

А в 6-НДФЛ у Вас так и будет "излишне удержанный НДФЛ", как и в  2-НДФЛ по году по этому сотруднику.