И чтобы не быть голословной (не так давно сами разбирались на работе с таким случаем) - пример со ссылками.
Возможна ситуация, когда величина начисленной работнику зарплаты в конкретном месяце оказалась меньше причитающегося налогового вычета. Учитывая, что работодатель в качестве налогового агента исчисляет НДФЛ нарастающим итогом с начала года (п. 3 ст. 226 НК РФ), налоговые вычеты в течение календарного года также суммируются. Поэтому важным является превышение вычетов над суммой зарплаты не просто в одном конкретном месяце, а нарастающим итогом с начала года.
Поясню сказанное на примере. Работнику полагаются ежемесячные стандартные налоговые вычеты в размере 2 800 рублей.
Заработная плата за январь составила 26 000 руб. НДФЛ, подлежащий удержанию за январь, составляет 3 016 руб. ((26 000 – 2 800) * 13%).
В феврале в связи с уходом в административный отпуск заработная плата составила всего 2 400 руб., что меньше величины налоговых вычетов. Однако с учетом того, что НДФЛ исчисляется нарастающим итогом с начала года, сумма НДФЛ с доходов работника за январь-февраль составит 2 964 руб. ((26 000 + 2 400 – 2 800*2) * 13%).
Возникает излишне удержанный НДФЛ, который работодатель может зачесть в счет подлежащего удержанию налога в следующих месяцах этого календарного года или вернуть работнику по его заявлению. Если налог не будет зачтен (например, в связи с отсутствием в будущем дохода) или возвращен, по итогам года работник может обратиться в налоговую инспекцию за возвратом НДФЛ самостоятельно (ст. 231 НК РФ).
Ключевым здесь является слово МОЖЕТ Вот такую раскладку предложите сотруднику - пусть берёт справку 2-НДФЛ и возвращает сам.
А в 6-НДФЛ у Вас так и будет "излишне удержанный НДФЛ", как и в 2-НДФЛ по году по этому сотруднику.