Думаю, в доп. соглашении достаточно было внести пунк о том, чтобы акт и счет-фактуру с прежним названием считать действительными.
Даже если такого пункта нет, то у вас есть первичка и доп.соглашение более поздним числом. Думаю не обязательно документы переделывать.