Ремонт кровли может быть отнесен как к текущему, так и к капитальному ремонту, смотря что и как было отремонтировано. Нужно сидеть и изучать положения Градостроительного кодекса РФ, постановления Госстроя СССР от 29.12.1973 N 279 о том, что есть капитальный ремонт, а что текущий. Ремонт окон - если вы не расширяли проемы, в принципе текущий ремонт, насчет батарей сами посмотрите, там очень много информации.
Насчет того, что НДС приняли к вычету, а расходы не учли при налогообложении, была тема на форуме https://nalog-nalog.ru/forum/nds/pravomerno-li-prinyat-nds-k-vychetu/. В ней и я отписалась, и другой участник привел широкую судебную практику по данному вопросу.