Маргарита, а у вас есть документы на приобретение этой квартиры наследодателем? Если есть, то их можно учесть как вычет. Естественно, разделенный по долям.
Если такого документа нет и вы хотите использовать стандартный налоговый вычет, то тут такая история: При продаже отдельными долями вы каждый можете использовать вычет в размере 1 млн. рублей. Если продавать будете одним договором купли-продажи, то только 1/2 от миллиона на каждого.