Здравствуйте. Конечно, дело в том, что вы про подаче корректировки указали не общую сумму вашего дохода с двух работ, а только доходы со второй работы. Каждая новая декларация 3-НДФЛ полностью отменяет предыдущую. Вот вам и выставили налоговики долг. Ничего удивительного. Вы как будто сказали им: "ребята, я ошиблась, дохода получила меньше". А они вам и прислали, что раз вы ошиблись, то давайте-ка назад лишние деньги, которые мы вам до этого перечислили.
Исправляете так: подаете новую корректировку. уже под номером 2 (если до этого указывали в корректировке 1) и в ней отражает ОБЩИЙ доход от ваших двух работодателей, а также ОБЩУЮ сумму вычета, на который вы претендуете. Тогда все встанет на свои места.