kitwea, трудно вот так за тысячи киломертов, не видя вашего заполнения, дать какой-то совет... Какой программой вы пользуетесь?
Раз вы ранее подавали на вычет 3-НДФЛ, полагаю, опыт заполнения у вас есть. Перепроверьте все строки, их там не так много, которые вы заполняете.
Вы верно подметили, что дело видимо в том, что программа не видит вычет за прошлые налоговые периоды. Здесь и ищите. Или в техподдержку обратитесь, или нам сюда какой-то срин выложите. Ну, или другую программу попробуйте для заполнения.