Vala, я советую вам не торопиться и дождаться результата проверки. Справка 2-НДФЛ и так подается работодателем в налоговую.
Кстати, в письме ФНС России от 22.11.2012 № ЕД-4-3/19630@ " О направлении информации", среди перечней документов, подаваемых на имущественный вычет по разным объектам, справки 2-НДФЛ нет.