Мои поиски привели меня к статье 78 НК РФ п.1.1. "Сумма излишне уплаченных страховых взносов подлежит зачету по соответствующему бюджету государственного внебюджетного фонда Российской Федерации, в который эта сумма была зачислена, в счет предстоящих платежей плательщика по этому взносу, задолженности по соответствующим пеням и штрафам за налоговые правонарушения либо возврату плательщику страховых взносов в порядке, предусмотренном настоящей статьей."
Видимо, к страховым взносам все же это новшество не относится. Просто можно переплату из регионального бюджета зачесть в недоимку регионального, и т.д. "Независимо от того, в какой бюджет РФ они зачисляются."...