Сумма, подлежащия возврату напрямую зависит от понесенных затрат, и составляет 13% от них, но есть...

Вы же уже получили имущественный вычет и сумму для получения вычета брали заниженную, а не ту, которую реально заплатили покупателю? Правильно? Не очень понимаю, какое отношение заниженность стоимости в договоре имеет к возврату ипотечных процентов. Вы можете вернуть только реально уплаченные проценты. Потребуются следующие документы:

• Копия кредитного договора с графиком ежемесячного погашения;
• Кория договора купли-продажи Вашей недвижимости;
• Копия выписки из ЕГРН;
• Копия акта приема-передачи или договора участия в долевом строительстве;
• документ, подтверждающий уплату процентов (это может быть справка из банка, квитанции или банковские выписки)
• 2-ндфл

вы вернёте 13 процентов от той суммы процентов, которую заплатили банку, но не более 390т на человека.

Однако обратите внимание, что получить вычет с процентов можно лишь единожды в жизни. То есть, если вы начнёте получать проценты по этой квартире, то по другой вы их получить уже не сможете, даже если вернёте не все 390 т. Поэтому, если у вас набежало процентов менее 3 млн рублей (от этой суммы считается 390т), то я вам рекомендую оформлять вычет на кого-то одного из супругов, а второй супруг может заявить на проценты по следующему купленному жилью (если вы ,конечно,планируете ещё брать ипотеку). Так вы выберете вычет максимально. 

Если у вас ипотека проводилась частично как покупка квартиры, а частично как неотделимые улучшения, то, мне кажется, с процентов за неотделимые вернуть налог вы не сможете. Поэтому не стоит покупать недвижимость с разбивкой ипотеки