Я с совмещением режимов так плотно не сталкивалась, но раздельный учёт вести приходилось.
Полагаю, в мозги программы зашито, что то, что невозможно конкретно отнести к определенному режиму, программа пропорционально разобьёт как НДС с косвенных расходов при раздельном учёте