Даже не знаю с чем связана проблема. Протестировала программу, вроде бы все правильно считает... Ну, попробуйте скачать программу Налогоплательщик ЮЛ. Она тоже бесплантая, и тоже на сайте налоговой есть. Лично мне так она даже больше нравится, только ей и пользуюсь последнее время.
Стоит себе все время на компьютере. Обновил версию и создавай документ, актуальный именно для этого периода. В Налогоплательщик ЮЛ можно декларации за любой год (ну из допустимых, естественно) создать. И всегда будет актуальный на тот период бланк.
Нет необходимости ежегодно свои данные вводить, если они не изменялись. Места на диске занимает немного.