Беспроцентным займом лучше не играться, на мой взгляд. Если деньги вносит учредитель - оформите безвозмездную помощь учредителя: Д98-К50, с 98 списывается только в БУ на 91.01.
Да, будет разница: в налоговом учёте это не принимается как доход (если учредитель имеет более 50%, кажется). Налоговая попросит пояснить отклонение доходов БУ от НУ - уставные им и решение учредителя.
А заёмные средства могут посчитать как материальной выгодой для компании, так и уклонение учредителя от дохода в виде процентов.
Всё субъективно и зависит от вредности налоговиков.