Прошу подсказать, как можно организовать учет по товарам в 1С бухгалтерия, если в магазине...

Когда-то давно работала в организации, которая продавала бытовую технику. У них была своя программа, в которой работали все магазины. Продажи магазинов загружали в эту программу. Я приходила утром на работу и выгружала продажи из этой программы в excel. Потом применяла обработку к 1с по реализации и затягивала туда продажи. Вам надо обратиться к специалисту 1с, обслуживающему вашу организацию, пусть напишут для вас подобную обработку. Правда, работала эта обработка так себе))). Вечно приходилось искать документы по этим продажам и угадывать кто есть кто, потому что подтягивались не все фамилии, а юрики вообще без названий затягивались)))). То ли специалист по 1с у нас был не очень, то ли невозможно это было сделать более просто, то ли просто никто не заморачивался.. Иногда мне казалось, что проще самой все  это забить в 1с . В общем, с вашим вопросом вам к 1с-никам. Возможно за это время 1с шагнула далеко вперед и этой проблемы больше нет).