Полностью согласна с Мариной_Бух. Закон прямо запрещает ИП совмещать уплату НПД с чем-либо еще, будь то упрощенка, патент, ЕНВД, ЕСХН или общая система налогообложения. Норму она выше привела. ООО - это как отдельный субъект. Вы можете быть самозанятым ИП (то есть как бы быть самозанятым, не утратив статус ИП), но не самозанятым ООО. Грубо говоря, НПД - это как отдельный режим.
Сейчас у вас есть два субъекта правоотношений. Например, ИП на УСН, а ООО на ОСНО. Они в любом случае рассматриваются как разные субъекты. Вы по каждому в отдельности отчитываетесь и т.д.
Если вы хотите работать на НПД, то вы можете на него перейти, как физлицо-ИП. Тогда у вас будет ООО на ОСНО, а ИП на НПД. ))).Только, если вы выбираете НПД, то уже совмещать его ни с чем не можете. То есть ИП ваше будет ТОЛЬКО на НПД, все виды деятельности у ИП должны быть только те, которые подпадают под НПД. Если вам это не подходит, то никакую часть деятельности на НПД отдельно вы перевести не сможете.
Понятнее не знаю как объяснить.