Добрый день.
Что вы подразумеваете под "отчет сдан частично"? Если вы забыли включить в СЗВ-М сведения о каких-то сотрудниках, штраф будет 500 руб. за каждого забытого и 300-500 руб. административный штраф на директора. 1000 руб. - это штраф за нарушение формы представления: должны были сдать электронно, а сдали на бумаге.