Добрый вечер.
Вы должны вести раздельный учет только начисленного НДС, чтобы определять налоговую базу по каждой ставке отдельно.
А вот мучиться с раздельным учетом НДС к вычету, у Вас нет никакой необходимости. Это нужно тем, у кого есть необлагаемые операции или облагаемые по ставке НДС 0%.