Подскажите пожалуйста, что делать. После закрытия 2016 и 2017 годов были внесены изменения в 1С,...

Конечно, необходимо внести исправления в учетные записи и пересчитать налог. Если сумма налога оказалась заниженной, то бухгалтер просто обязан подать уточненную декларацию (абз. 1 п. 1 ст. 81 НК РФ). Если же ошибка не привела к уменьшению налога, то тогда можно обойтись без уточненки. Здесь право выбора остается за организацией (абз. 2 п. 1 ст. 81 НК РФ, письмо Минфина от 27.09.2017 № 03-02-07/1/62596). Но так как вы хотите зачесть переплату в счет налога, уплаченного ранее, то считаю, что вам надо подавать 2 уточненки: и за 2016 и за 2017 годы.

Единственное, вам нужно будет заплатить соответствующие пени. Пп. 1 п.  4 ст. 81 НК РФ предусматривает, что если уточненная декларация сдана после истечения срока уплаты налога, но до того, как компания узнала об обнаружении ошибок налоговым органом либо назначении выездной налоговой проверки. В этом случае нужно уплатить недоимку и пени до момента представления уточненной декларации.

После этого, да, проведете сверку с налоговой и у вас все встанет на свои места.