Добрый день.
Да, если услуги были оказаны, реализация должна быть отражена в книге продаж компании А. В книге продаж указывается наименование и ИНН покупателя, реквизиты счета-фактуры, сумма продажи и НДС.
Компания Б, если она является плательщиком НДС, приобретая услуги, вправе принять к вычету предьявленный компанией А НДС. В этом случае компания Б должна отразить сделку в своей книге покупок. Ключевое слово "вправе". Т.е. компания Б может предьявить входной НДС к вычету, а может этого и не делать. Право на вычет сохраняется в течение 3 лет. Отсутствие или присутствие информации о сделке в книге покупок компании Б никак не доказывает реальность или фиктивность этой сделки. Вообще записи в книгах покупок и продаж сами по себе ничего не доказывают.