Есть два очень хороших и подробных материала в Консультант + на вашу тему. Вот ссылки:
Зарегистрируйтесь (у них сейчас можно зарегистрировать бесплатный доступ на 2 дня!), прочтите две эти статьи, они с примерами, как написать пояснения на требования налоговой, и склепайте одно отличное пояснение :). Кстати, там также очень подробно рассказано, когда налоговая не имеет права у вас требовать пояснений, как себя вести с налоговиками в подобных ситуациях, чтобы не было к вам в дальнейшем никаких претензий. В общем, для Вас полезный материал. Рекомендую.