Можно поменять мамину часть коммуналки на квартиру, купленную в 2003 году. Тогда при продаже объединенной коммуналки у вас не будет другого жилья в собственности, минимальный срок - 3 года.
Что при этом делать с маминым НДФЛ зависит от соотношения стоимости квартиры и маминой части коммуналки, и от использования мамой права на имущественный вычет. Если квартира ощутимо дороже, можно поменять с доплатой или поменять на долю в квартире, а оставшуюся долю подарить. Или оформить все через куплю-продажу.