Если ОС не находится на Вашем балансе, то и амортизацию начисляет его балансодержатель (собственник).
Для порядка неплохо бы завести инвентарные карточки, чтобы фиксировать там расходы на текущий ремонт, модернизацию и прочее (материально ответственных лиц, например).
Теперь о запчасти стоимостью свыше 100 000 рублей. Что это может быть за запчасть такая? Если не секрет - что Вы арендуете?