Думаю, что все основные разделы нужно заполнять, ведь в них есть количество застрахованных лиц, а в ООО не может быть количество застрахованных ноль. Там есть директор, даже неработающий. Ставите кол-во застрахованных - 1, и суммы выплат, база для исчислений, страховые взносы - все нули.
Не заполняются же только те разделы налоговых отчетов и деклараций, где нет значимых значений. А у вас есть, и это количество застрахованных лиц и персонифицированные сведения.
Титульный лист, раздел 1, приложение 1, приложение 2, раздел 3.